哲学研究所建立于1986年，研究所现设马克思主义哲学与西方马克思主义研究、知识论与规范论研究、近现代西方哲学研究、科学技术与社会（STS）研究、闽学研究等4个中心，现任所长为徐梦秋教授。建所以来，共承担各类课题96项；出版各类著作120多部，发表论文900多篇；获各类奖励41项。1991年，在全国高校社会科学研究机构评估中，哲学研究所名列我校榜首，跻身全国高校先进科学研究机构行列。