厦门大学的宗教研究具有悠久历史，早在上一世纪20年代的建校之初，著名宗教哲学研究专家汤用彤教授、著名道家道教研究专家朱谦之教授已经在这里开辟了自己的研究领域，为后来的宗教学研究奠定了基础。“文化大革命”以前，尽管存在着许多困难，但本校的宗教学研究依然保存了“火种”。著名学者朱天顺教授先后撰写了《原始宗教》等书。“文革”之后，他又撰写了《中国古代宗教初探》以及关于“妈祖文化研究”的诸多著作，在“道教与民间信仰”关系研究方面取得了比较突出的成果。

1999年12月，经过校务会议批准，厦门大学成立了宗教学研究所，在各级领导的关心下，在海内外热心朋友的支持帮助下，厦门大学宗教学研究所逐步发展。研究所以詹石窗教授为名誉所长，黄永锋教授为现任所长。经过多年的建设，研究所的学术队伍逐步加强，现有教授和兼职教授8人，副教授6人，讲师及助研4人。

厦门大学宗教学研究所的主要研究方向是：（1）中国道教文化，（2）中国佛教文化，（3）中国民间宗教，（4）宗教学基本理论与当代宗教研究。此外，研究所在基督教、天主教研究方面也做了一些工作。研究所特色在于理论研究与应用研究相结合，关注社会热点问题，提供对策研究，对当前社会进步有促进意义。

厦门大学宗教学研究所坚持实事求是的科学精神，开展宗教学术研究工作。至今主持国家社会科学基金课题10项，承担了教育部“十五规划”统编重点教材《中国宗教通论》等编写任务，先后出版了《易学与道教思想关系研究》、《道教科技与文化养生》、《黄檗禅哲学思想研究》等30余部论著，在《中国社会科学》、《哲学研究》《中国哲学史》《世界宗教研究》等权威刊物上发表的有40多篇。